- 現行農作物藥害診斷流程為縣市政府承辦單位受理申請人提出之案件後，即行文事件關係人及轄區試驗改良場所辦理公開會勘。依據會勘結論，如確認為病蟲等生物因子引起之作物異常，承辦單位行文申請人並辦理結案。如疑為施用農藥引起之作物異常，則於會勘現場依藥害診斷資料表辦理公開採樣，並行文農業部農業藥物試驗所及檢附送檢植株、藥劑樣品與會勘紀錄表、藥害診斷資料表，申請農藥藥害診斷。
- 依據會勘紀錄內容，將案件分為目標區(即自行施用)與非目標區(即鄰田污染)兩種藥害類型。屬性為目標區藥害類型者，首先檢視所施用之藥劑是否為登記藥劑，如屬「違規用藥」則不受理藥害診斷之申請。
- 作物藥害鑑定申請案，如經受理及確立須進行生物測試，依「農業部農業藥物試驗所技術服務及設施使用收費標準」(https://www.acri.gov.tw/Category/Items/法規公告)，每案收費新臺幣玖仟壹佰元整。