將軍區在北門區之南，為臺南市濱海之一區。「將軍」之名，傳由施琅將軍而來：清將施琅靖台有功，清廷賜跑馬三日為世襲業地，由今將軍區西隅的馬沙溝登陸起跑，經史椰甲社（由今將軍區山仔腳）向東騁馳，不料至今將軍庄（一說「漚汪」）馬斷腳蹄，乃在此地建「將軍府」，所經之地的田園即為「施候租」，並建公館管理，最盛時期達十處；之後，施琅率施姓族人及吳王兩姓戚親入墾漚汪溪（將軍溪）南岸一帶，而形成「將軍庄」；道光年間後裔因居北京乃出售六處公租館，剩下四處置督墾管理，再至日據時代，日人以施家非日本國民，乃沒其大租而編入官租。 傳說施琅在此設府後，將軍府大柱左右各掛施吳兩姓的大燈，每屆夜晚，吳姓大燈總是燦爛輝煌，施姓大燈則忽明忽暗，此後吳姓愈旺，而施姓漸衰，大舉北遷鹿港，只留一家與吳姓聯婚者，這也就是今天將軍庄何以「施琅開庄，舉庄皆吳」的原因了。
基本上，將軍區可分成三區：四埔、四甲和四寮。「四埔」及將軍庄、北埔、頂山腳、下山仔腳的「四埔吳」；「四甲」為東甲、西甲、北甲和中甲的「漚汪四甲」；四寮則係頂寮、忠寮、下寮和崁頭寮的「苓仔寮四寮」。二戰後街庄改鎮鄉時，時任鄉長的醫師黃清舞，有意以漚汪文衡殿的「文衡」作為鄉名，惟縣府不同意而作罷，遂沿日據時代「將軍庄」而稱「將軍鄉」，但地方仍習慣簡稱為「將庄」。
二戰後設村，依日據時代的保甲組織而設卄四村，村名命名，大多由首任官派鄉長黃清舞及時任公所自治課員兼代表會書記的邱龍村等兩人，依原庄名首字加上佳字或取「好名」為村名，因而多數的村名皆與原庄名無關，甚至可謂無意義；民國六十七年（一九七八）大村制時，卄四村依人口數調整為十八村，此即俗稱的「卄四村變十八村」。
臺南市政府於106年4月依據「臺南市里鄰編組及調整辦法」規定，進行里鄰編組之檢討。106年11月10日經臺南市政府核定及公告，全區18里調整為12里、304鄰調整為124鄰，並於107年1月29日及4月30日分兩階段實施。
由於將軍區濱海，故土質鹹貧，儘管近年來在農會輔導下，大力推廣牛蒡、蘆筍、芝麻，但胡蘿蔔仍是此地特產，因此將軍區素有「胡蘿蔔之鄉」的美譽。
- 資料截至107年4月30日止
- 99年12月25日臺南縣市合併，原臺南縣將軍鄉改為臺南市將軍區